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A questo punto si presentano fenomeni esteticamente disastrosi: il corpo idrico ricettore assume diverse colorazioni, si ricopre di schiume galleggianti e di sostanze grasse, presenta una rilevante torbidità, provoca morte della fauna ittica, fa crescere a dismisura le alghe e le sostanze vegetali, emana effluvi maleodoranti; crea cioè tutte quelle situazioni che lo degradano paesaggisticamente, lo rendono inadatto alle varie forme di utilizzo a cui è sottoposto (irrigazione, prelievo per uso potabile, balneazione) e peggiora sensibilmente la qualità della vita dell'ambiente circostante. In questo momento è indispensabile l'intervento dell'uomo, che deve cercare di ripristinare le caratteristiche originali dell'acqua contenuta nel corpo idrico ricettore e riequilibrarne le funzioni vitali. A tale scopo sono stati progettati e realizzati dall'uomo gli impianti di depurazione delle acque reflue, per permettere quindi ai corpi idrici di effettuare l'autodepurazione.
Gli inquinanti che normalmente si trovano nelle acque reflue possono essere raggruppati in classi diverse, secondo la loro natura e gli effetti che producono. I materiali galleggianti sono tutte le sostanze più leggere dell'acqua ed insolubili: grassi, oli e schiume che stratificano in superficie creando un pessimo fenomeno estetico e impediscono il passaggio delle radiazioni solari necessarie ai processi di fotosintesi. In particolare gli oli creano un ostacolo insormontabile per la riareazione dell'acqua, inibiscono la vita dei microrganismi acquatici e distruggono la vegetazione. Sono inoltre pericolosi perché in elevate quantità possono favorire la formazione di incendi. I materiali in sospensione sono le sostanze insolubili, che hanno peso uguale o superiore a quello dell'acqua. Si mantengono in sospensione nel liquido e rallentano l'attività dei microrganismi. Nel tempo sedimentano sul fondo come fango e creano ostacolo all'alimentazione dei pesci. Inoltre, non essendo sufficientemente aerati, danno inizio a fenomeni di putrefazione. I materiali disciolti sono i più numerosi: acidi, sali metallici, insetticidi, cianuri e tutti i prodotti tossici che rendono impossibile la vita acquatica e rendono l'acqua non potabile. Le sostanze organiche disciolte e l'ammoniaca sono attaccate e trasformate dai microrganismi, che utilizzano per questo l'ossigeno disciolto nell'acqua. Anche alcuni prodotti chimici riducenti, i sedimenti e i materiali organici consumano l'ossigeno disciolto. Alcune sostanze organiche, tensioattivi, pesticidi, ecc., mantengono invece inalterate le loro caratteristiche, in quanto refrattarie alla degradazione biologica. I materiali biologici sono tutti gli organismi viventi, animali o vegetali, hanno influenza sulla qualità dell'acqua; pertanto vi troviamo: